Die Erbauungszeit der ersten Kirche Marienweihers ist unbekannt. Friedrich Förner versucht in seinem Buch "Beneficia miraculosa" nachzuweisen, dass bereits der Bamberger Bischof Otto I. 1124 eine Kirche in Marienweiher gegründet habe, was wohl eher unwahrscheinlich ist. Dagegen ist eine Urkunde von 1189 im Original mit Siegel erhalten, in der Bischof Otto II. (1177-1196) das Zisterzienserkloster Langheim mit der Eigenkirche in Marienweiher beschenkt. Diese Schenkung wurde 1217 erneuert. Bei der Kirche wurden ein Kloster und ein Hospiz errichtet.
Anfang des 12. Jh. sei ein sächsischer Fuhrmann im Straßenwirtshaus am Vordersee (dies wird als älteste Bezeichnung für Marienweiher angesehen) eingekehrt. In der Nacht sei das Wirtshaus von Räubern überfallen worden. In Lebensgefahr habe sich der Fuhrmann an die Gottesmutter gewandt; er sei daraufhin gerettet worden. Seinem Gelübde gemäß habe er ein Marienbild in einer hölzernen Kapelle aufgestellt. Bald sei diese Kapelle von Pilgern immer mehr besucht worden. Hierin sieht die Legende den Beginn der Wallfahrt von Marienweiher.
In den Wirren der Hussiteneinfälle (1419-1436) wurden die Kirchenbauten in Marienweiher geplündert und zerstört. Daher gab die Abtei Langheim 1430 die Seelsorge in Marienweiher auf, die dann von Weltpriestern wahrgenommen wurde. Ob die Kirche bereits in den darauf folgenden Jahren oder erst gegen Ende des 15. Jh. wiederhergestellt wurde, ist fraglich. Das Kloster blieb jedenfalls als Ruine stehen. Für die Bauzeit ab 1480 spricht, dass das Gnadenbild, die Kreuzigungsgruppe rechts am Kircheneingang und einige Figuren um diese Zeit entstanden sind. Vielleicht erlebte das Wallfahrtswesen in dieser Zeit seine erste Blüte. 1574 soll Pfarrer Joh. Hofmann in Marienweiher die lutherische Lehre eingeführt haben. Die Gegenreformation begann mit der Amtsenthebung des ebenfalls protestantisch orientierten (?) Pfarrers Joh. Götz 1594: Das Wallfahrtswesen erhielt nun bischöfliche Förderung und neuen Zulauf, so dass ein größerer Kirchenbau nötig wurde und infolge zahlreicher Spenden auch möglich war (ausgeführt zwischen 1617-1620). Die Auswirkungen des Dreißigjährigen Krieges bekam Marienweiher seit dem ersten Schwedeneinfall vom 6.6.1631 zu spüren. Auf Plünderungen und Zerstörungen bis 1647 durch Truppen beider konfessioneller Richtungen, verstärkt durch Hungersnöte und Seuchen, folgte eine Erlahmung des katholischen Gemeinde- und Wallfahrtslebens. Um dem entgegenzuwirken, rief der Fürstbischof von Bamberg die (oberdeutschen) Franziskaner um seelsorgerische Hilfe an und übertrug ihnen 1644 die Pfarrei. Der Ankunft der Franziskaner (24.12.1646) folgten bald Zwistigkeiten um Verwaltungsangelegenheiten, so dass die Patres die Pfarrei 1650 abgaben. Während sich die Franziskaner weiterhin um die Wallfahrtsseelsorge kümmerten, versahen Weltgeistliche die Pfarrei. So zielte die Bautätigkeit (1650-1661) der Mönche vor allem auf den Wiederaufbau und die Abschirmung des Klosters und des Hospizes ab. Die nichtsdestoweniger gute Zusammenarbeit zwischen Welt- und Ordensgeistlichkeit brachte der Pfarrei stetigen Aufschwung, so dass 1699 Fürstbischof Lothar Franz von Schönborn einer Umwandlung des „Klösterleins" in ein förmliches Kloster (Konvent) zustimmte. Das 18. Jh. war somit für Marienweiher eine Zeit reger Bautätigkeit, gipfelnd im Neubau des barocken Langhauses nach 1718/19 (eingeweiht von Weihbischof Werner Schnatz 1720) und des Turmes (1743-1745); dazu kam noch die (zweite) Erweiterung des Klosters (1777). In der Säkularisation (1802) erfolgte die Zivilbesitznahme und Auflösung des Klosters. Erst 1828 erlaubte König Ludwig 1. von Bayern die Wiedereinrichtung des Klosters und die Neubelebung des Ordenslebens. Als eine Folge davon begann auch das Marienweiherer Wallfahrtswesen ab 1840 wieder zu blühen und erreichte um 1870 einen Höhepunkt. Wallfahrer kamen vor allem aus Franken, der Oberpfalz und dem Übernahme 1900 folgte die Obernahme auch der Ortspfarrseelsorge durch die Franziskaner. Teilrenovierungen des Gotteshauses und der Klostergebäude ab 1867 bis heute haben den Bedürfnissen der Gläubigen Rechnung getragen.
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